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| 登録日 | 登録認定期間の名称 | 所在地及び問合せ先 | 認定を行う区域 |
| H12.8.11（1） | アイシーエス日本株式会社 | 神奈川県横浜市都筑区茅ヶ崎中央45-14 045-949-4620 |
国内及び 約30ヶ国の外国等 |
| H12.8.11（2） | 海外貨物検査株式会社 | 東京都中央区日本橋 兜町15-6 03-3669-5184 |
国内、アジア、北米、中南米、欧州、大洋洲、中近東及びアフリカ |
| H12.8.11（3） | 財団法人 自然農法国際研究開発センター |
静岡県熱海市田原本町9-1 0557-85-2001 |
国内 |
| H12.8.11（4） | 社団法人全国愛農会 | 三重県多賀郡青山町別府692-3 0595-52-0108 |
国内 |
| H12.8.11（5） | NPO法人 日本オーガニック＆ナチュラルフーズ協会 | 東京都中央区京橋3-5-3 03-3538-1851 |
国内及び 34ヶ国の外国 |
| H12.8.11（6） | NPO法人 日本有機農業生産団体中央会 |
東京都千代田区外神田5-2-1 03-5812-8055 |
国内 |
| H12.9.4（7） | 株式会社アファス認証センター | 東京都中央区銀座5-10-13 03-3569-7370 |
国内 |
| H12.9.4（9） | NPO法人 日本オーガニック農産物協会 |
東京都千代田区神田司町2-7 03-3295-5448 |
国内及び 21ヶ国の外国 |
| H12.10.4（10） | QAIジャパン有限会社 | 川崎市高津区坂3-2-1神奈川サイエンス・パーク・ビル | 国内及び 約50ヶ国の外国 |
| H12.10.4（11） | 財団法人 日本穀物検定協会 | 東京都中央区日本橋兜町15-6 03-3668-0911 |
国内 |
| H12.10.4（12） | 特定非営利活動法人 兵庫県有機農業研究会 |
兵庫県神戸市灘区山田町2-1-3-B 078-843-1242 |
国内 |
| H12.10.4（15） | 特定非営利活動法人 有機農業認証協会 |
大阪府吹田市江坂町1-23-19 06-6330-0823 |
国内 |
| H12.10.4（16） | 特定非営利活動法人 和歌山有機認証協会 |
和歌山県和歌山市三木町台所町6 073-421-6545 |
国内 |
| H12.11.20（17） | NPO法人 エイサック | 岩手県盛岡市山王町10-6 019-626-3870 |
国内並びに 39ヶ国の外国 |
| H12.11.20（18） | NPO法人 エム・オー・エー 自然農法文化事業団 |
静岡県熱海市田原本町9-1熱海第一ビル 0557-84-2241 |
国内 |
| H12.12.8（25） | 東洋ビーネット株式会社 | 東京都中央区京橋2-3-13 03-3272-3741 |
国内並びに ヶ国の外国 |
| H13.1.24（27） | 有限会社OCIA・ジャパン | 東京都千代田区神田小川町3-28-2 03-5283-0187 |
国内及び外国 |